投档原则不同：平行志愿的投档原则是“分数优先、遵循志愿、一轮投档”，即先从最高分考生开始，依次检索和投档，按照考生所填报的志愿顺序检索，当符合投档条件且院校有计划余额时，即被投档；顺序志愿的投档原则是“志愿优先，从高到低分”，先投档所有考生的第一志愿，第一志愿录取结束后，若有的高校招生计划未完成，再对未完成计划进行第二志愿的录取。

志愿个数不同：平行志愿录取办法每批次通常只设置一个平行院校志愿、一个征求平行院校志愿及院校服从志愿；而顺序志愿每批次设置第一至第四志愿及服从志愿（具体志愿个数可能因地区和批次而有所不同）。

填报时间不同：平行志愿由考生在录取工作开始前预先填报；征求（平行）志愿是在每批次录取过程中、平行志愿录取结束后，由考生在规定的时间内自行上网填报。传统顺序志愿则是在录取前填报，在录取过程中不再填报志愿。

填报对象不同：填报征求（平行）志愿的对象为符合本批次填报条件且未被录取的考生，而已被录取或不符合本批次填报条件的考生不能填报；顺序志愿没有明确的填报对象限制。

风险程度不同：平行志愿扩大了考生的选择范围，降低了志愿填报风险，减少了高分落榜现象、高校断档现象，提高了志愿匹配性。只要填报学校梯度拉开、服从调剂，基本不会掉档，考生考多少分被录取到对应层次的学校相对较为合理；顺序志愿里的每一个批次，考生只能选择一个第一志愿，其他志愿录取率相对较低，如果第一志愿报考的学校不能录取，而第二、第三或其它志愿的学校已录满，考生就只能降低到下一个批次中录取，甚至有可能落榜。在顺序志愿中，考生能否被录取不完全取决于成绩，还与其他分数相仿考生的志愿有关，存在一定偶然性。